摘要： 研究旨在通过全基因组选择信号分析，挖掘宁蒗高原鸡品种重要的种质特性基 因。研究使用“神农一号”地方鸡液相基因芯片对 3个地方鸡品种（30只宁蒗高原鸡，30只正 阳三黄鸡及 33 只固始鸡）进行基因分型。试验首先通过构建系统发育树、主成分分析、祖先 成分分析等方法，探究品种的种群遗传结构；然后，结合群体遗传分化指数（Pattern of genetic differentiation，FST）和跨群体单倍型统计（Cross-population haplotype-based statistic，XP-nSL） 等比较基因组方法鉴定宁蒗高原鸡全基组选择信号；最后，对宁蒗高原鸡进行连续性纯合片 段（Run of homozygosity，ROH）分析，以进一步探究其受到的人工和自然选择足迹。结果显示： 选择信号分析发现宁蒗高原鸡在高海拔适应、骨骼和肌肉发育、生长及体型大小等性状经历 了更高强度选择；ROH分析共鉴定到7个ROH岛，对其进行基因注释发现，与生长、体型大小、 骨骼发育及高海拔适应等相关的基因受到了选择。研究表明，3个品种间有明显的群体分化， 两个河南地方鸡品种遗传距离较近，而宁蒗高原鸡与两者明显分离，该结果与现实中分群结 果一致，结果为宁蒗高原鸡遗传资源保护、开发利用与评价工作提供参考。

关键词: 宁蒗高原鸡；液相基因芯片；群体遗传学；连续性纯合片段

中图分类号: 

• S831.2